* 通讯作者:Jinbo Xu, jinboxu@moleculemind.com 参考文献 [1] Joseph L Watson, David Juergens, Nathaniel R Bennett, Brian L Trippe, Jason Yim, Helen E Eisenach, Woody Ahern, Andrew J Borst, Robert J Ragotte, Lukas F Milles, et al. De novo design of protein structure and function with rfdiffusion. Nature, 620 (7976):1089–1100, 2023. [2] Martin Pacesa, Lennart Nickel, Christian Schellhaas, Joseph Schmidt, Ekaterina Pyatova, Lucas Kissling, Patrick Barendse, Jagrity Choudhury, Srajan Kapoor, Ana Alcaraz-Serna, et al. One-shot design of functional protein binders with bindcraft. Nature, 646 (8084):483–492, 2025. [3] Vinicius Zambaldi, David La, Alexander E Chu, Harshnira Patani, Amy E Danson, Tristan OC Kwan, Thomas Frerix, Rosalia G Schneider, David Saxton, Ashok Thillaisundaram, et al. De novo design of high-affinity protein binders with alphaproteo. arXiv preprint arXiv:2409.08022, 2024. [4] Chai Discovery Team, Jacques Boitreaud, Jack Dent, Danny Geisz, Matthew McPartlon, Joshua Meier, Zhuoran Qiao, Alex Rogozhnikov, Nathan Rollins, Paul Wollenhaupt, et al. Zero-shot antibody design in a 24-well plate. bioRxiv, pages 2025–07, 2025. [5] Luis S Mille-Fragoso, John N Wang, Claudia L Driscoll, Haoyu Dai, Talal Widatalla, Xiaowei Zhang, Brian L Hie, and Xiaojing J Gao. Efficient generation of epitope-targeted de novo antibodies with germinal. bioRxiv, 2025. [6] Hannes Stark, Felix Faltings, Min Gyu Choi, Yuxin Xie, Eunsu Hur, Timothy O’Donnell, Anton Bushuiev, Talip Uçar, Saro Passaro, Weian Mao, et al. Boltzgen: Toward universal binder design. bioRxiv, pages 2025–11, 2025. [7] BioGeometry Team and Jian Tang. Rapid de novo antibody design with geoflow-v3. bioRxiv, pages 2025–10, 2025. [8] Sheng Xu, Qiantai Feng, Lifeng Qiao, Hao Wu, Tao Shen, Yu Cheng, Shuangjia Zheng, and Siqi Sun. Foldbench: An all-atom benchmark for biomolecular structure prediction. bioRxiv, pages 2025–05, 2025. [9] Josh Abramson, Jonas Adler, Jack Dunger, Richard Evans, Tim Green, Alexander Pritzel, Olaf Ronneberger, Lindsay Willmore, Andrew J Ballard, Joshua Bambrick, et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with alphafold 3. Nature, 630 (8016):493–500, 2024. [10] Helen M Berman, John Westbrook, Zukang Feng, Gary Gilliland, Talapady N Bhat, Helge Weissig, Ilya N Shindyalov, and Philip E Bourne. The protein data bank. Nucleic Acids Research, 28 (1):235–242, 2000. [11] Claudio Mirabello and Björn Wallner. Dockq v2: improved automatic quality measure for protein multimers, nucleic acids, and small molecules. Bioinformatics, 40 (10):btae586, 2024. [12] Saro Passaro, Gabriele Corso, Jeremy Wohlwend, Mateo Reveiz, S. Thaler, Vignesh Ram Somnath, Noah Getz, Tally Portnoi, J. Roy, Hannes Stark, D. Kwabi-Addo, Dominique Beaini, Tommi Jaakkola, and Regina Barzilay. Boltz-2: Towards accurate and efficient binding affinity prediction. bioRxiv, pages 2025–06, 2025. [13] ByteDance Seed. Protenix-v2: Broadening the reach of structure prediction and biomolecular design. 2025. [14] ByteDance AML AI4Science Team, Xinshi Chen, Yuxuan Zhang, Chan Lu, Wenzhi Ma, Jiaqi Guan, Chengyue Gong, et al. Protenix—advancing structure prediction through a comprehensive alphafold 3 reproduction. bioRxiv, pages 2025–01, 2025. [15] Salvatore Candido et al. Language modeling materializes a world model of protein biology, 2026. URL https://github.com/biohub/esm. Biohub preprint. [16] Ivan Anishchenko, Samuel J Pellock, Tamuka M Chidyausiku, Theresa A Ramelot, Sergey Ovchinnikov, Jingzhou Hao, Khushboo Bafna, Christoffer Norn, Alex Kang, Asim K Bera, et al. De novo protein design by deep network hallucination. Nature, 600 (7889):547–552, 2021. 附录 A 设计 VHH 序列针对已知抗体数据库的 CDR 相似性分析 为评估设计序列相对于已知抗体序列的新颖性,我们对 338 个 VHH 序列进行了 CDR 相似性分析,涵盖 11 个靶标系统,并额外检查了每个系统中亲和力最高的 VHH 候选物。
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第十六条 行政执法机关应当对行政执法证件载明的信息进行定期维护,并通过行政执法证件管理信息系统将证件载明的信息进行集中统一公示。
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孝道是美德 但美德的传播 不该以触及法律的确定性为代价 你对这次的“不孝辞退”事件怎么看? 留言区来讨论! 编辑 | 马媛 综合 | 驻马店日报 都市现场 大象新闻 极目新闻 河南公共频道 申工社 新浪微博 新华网天津频道 聆听老美华等津南区气象台于2026年07月24日13时09分发布暴雨蓝色预警信号:预计今天下午到夜间,我区八里台镇、小站镇、北闸口镇将出现1小时降水量30毫米以上的强降水,请有关单位和人员做好防范准备。
要理解 d-invariant 是什么,首先需要了解其中一个领域中一个被深入研究的对象 —— 置换群。
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7月8日,中国自然资源部海洋发展战略研究所对外发布《菲律宾南海领土主张的历史法理批判》报告,回顾梳理菲律宾领土边界的形成过程,分析其历次扩张领土范围的意图与尝试,且指出,菲律宾意图突破一系列具有国际法效力的条约所限定的领土边界,将其扩张至黄岩岛和南沙群岛部分岛礁的做法缺乏基本的史实依据,且明显违背有关领土取得的国际法规则,不具备历史法理基础 图:中央广播电视总台“南海之声” 海叔要说,她爱关切也好,爱担忧也罢,那是她自己的事。我要发布>>
谢贤一生传奇,其演艺生涯长达逾70年,晚年仍屡创高峰,于2019年获颁第38届香港电影金像奖“终身成就奖”,到2022年更凭电影《杀出个黄昏》勇夺第40届金像奖“最佳男主角”,以85岁之龄成为金像奖史上最年长的影帝。我要发布>>
交通影响 受降雨影响,截至目前—— 东丽区于明庄地铁2号线地道管控。我要发布>>
详细的基准程序和额外的基准分析见补充信息。我要发布>>
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受访者供图 最终,机上乘客于早上7时30分下飞机。我要发布>>
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中央组织部有关负责同志宣布了党中央关于华润(集团)有限公司董事长调整的决定: 王海民同志任华润(集团)有限公司董事长,免去其香港中旅(集团)有限公司董事长职务;免去王祥明同志的华润(集团)有限公司董事长职务。我要发布>>
台风“红霞” 能为申城带来一丝清凉吗 上海气象部门 刚刚发布 周六:天气与今日类似,晴到多云为主,午后局部地区阴有短时阵雨或雷雨,气温29~37℃,南到东南风4~5级,阵风6级,沿江沿海地区5级阵风6~7级,相对湿度85%~50%。我要发布>>
封面新闻记者 谢杰 “口头报价260元一斤的珍宝蟹,40米外的隔壁商家仅售168元,投诉后监管部门到场核查门店公示标价是398元。我要发布>>